2009年發布的國家基本藥物目錄包括基層醫療衛生機構配備使用和其他醫療機構配備使用兩個部分。目前，已先期公布的《國家基本藥物目錄（基層醫療衛生機構配備使用部分）》（2009版），包括化藥、中成藥共有307個品種。

SFDA南方醫藥經濟研究所廣州標點醫藥信息有限公司的中國藥品醫院市場用藥分析系統（HDM系統）和中國藥品零售市場用藥分析系統（RDM系統）這兩大終端用析系統，對新舊基本藥物目錄藥品的用藥數據進行了對比分析與研究。

2009年版調整相當大

基本醫療版基本目錄共有307個品種，其中有205個化學藥，102個中藥品種。相比2004年版，品種數量已經大大減少，基本上和WHO版的品種數量相當。估計配合公立醫院改革試點的基本目錄（其它部分）品種也不會太多。因此，從整個2009年版的目錄品種來看，相比于2004年目錄有著相當大的調整。

在現有基本目錄中，化學藥沒有獨家品種。中藥品種部分均為在SFDA批準文號登記中只有一個廠家的品種（根據SFDA網站產品數據庫統計），未區分劑型，共計29個，占全部中藥品種的20%以上。其中，心腦血管疾病用藥品種為9個，消化系統用藥品種為6個，骨骼肌肉系統疾病用藥品種為5個，成為基本藥物目錄中中成藥部分獨家品種最多的三大用藥類別。

HDM系統顯示，在樣本醫院中，共有2128個品種在醫院銷售使用。其中，基層版目錄中的品種（細分到劑型，并包括備注中的藥品，且不含中藥飲片）完整的為451種，進入樣本醫院的為205種，占樣本醫院品種總數的9.6%。其中，化學藥有184個，中成藥有153個。在品種數量上，基本藥物品種不占主導地位。