專家分析稱，盡管我國創新競爭力有所提升，但創新產出中存在的水分很大，且投入資金與商業化比值失衡問題也日益突出。

　　黃皮書中主要從國家創新基礎競爭力、創新環境競爭力、創新投入競爭力、創新產出競爭力和創新持續競爭力五個體系進行綜合評價，主要反映2011年二十國集團創新競爭力排名情況。五個指標體系中，中國國家創新產出競爭力排名最靠前，位列第二，具體包括專利授權數、科技論文發表數、注冊商標數等衡量數據。黃皮書顯示，中國專利授權數在2010年和2011年分別得分29.6和38.8，均位居第三名。然而看似亮眼的數據卻含有不少水分，一位不愿具名的社科專家向北京商報記者透露，在我國創新產出中，原創的成分非常少，僅占全部產出的20%左右。

　　除此之外，實踐中真正將研發成果轉化為有價值的產品的也很少，實際研發效率低下。國務院發展研究中心副主任韓俊就表示，我國許多重大專項投入了大量研發資金，但結果是研發和商業化脫節。研發不少，出成果卻比較慢;專利不少，但是真正有價值的不多。

　　近年來，我國研發效率低下的問題越發凸顯。北京工商大學產業經濟研究所所長陳及分析，我國現有的科研投入機制導致研發資金配置不合理，對研發主體的真實水平缺乏有效的評估，造成大量研發資金投錯了對象，同時“研發領域整體的急功近利現象較為普遍，長此以往，難以產生重大創新性進展”。陳及說，低水平重復性的研發制度下很難產生原創性、高水平的契合大眾的商業成果。

　　中國社科院雜志社經濟學博士林躍勤也認為，科研經費相關規范機制的空白是導致我國創新投入與成果差距大的原因之一。“國外有2/3以上的科研經費分配是由企業和個人來配置的，注重投入效率。而我國則有2/3的資金是由政府來支配的，一方面缺乏嚴格的科研成果考核、跟蹤機制，另一方面無形中形成了壟斷利益階層。”